แหล่งที่มาของกองทุนหลักประกันสุขภาพในระดับพื้นที่ ประกอบด้วย
1. เงินค่าบริการสาธารณสุขที่ได้รับจากกองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ ในส่วนของการสร้างเสริมสุขภาพและป้องกันโรค ตามที่คณะกรรมการหลักประกันสุขภาพกำหนด ในปีงบประมาณ 2549 สำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ(สปสช.) ได้จัดสรรงบประมาณเงินอุดหนุนกองทุนฯเป็นรายหัว จำนวน 37.50 บาทต่อคน ผ่านองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นในนามของกองทุนหลักประกันสุขภาพในระดับท้องถิ่น และในปีงบประมาณ 2553 เพิ่มเป็น 40 บาทต่อคน
2. เงินอุดหนุนหรืองบประมาณที่ได้รับจากองค์การบริหารส่วนตำบลหรือเทศบาลหรือองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นอื่น ตามกฎหมายบัญญัติ มีหลักเกณฑ์ดังน
- อบต.ขนาดใหญ่หรือเทศบาล ต้องไม่น้อยกว่าร้อยละ 50
- อบต.ขนาดกลาง ต้องไม่น้อยกว่าร้อยละ 20
- อบต.ขนาดเล็ก ต้องไม่น้อยกว่าร้อยละ 10
3. เงินสมทบจากชุมชนหรือกองทุนชุมชน
4. รายได้อื่นๆ หรือทรัพย์สินที่ได้รับมาในกิจการของระบบหลักประกันสุขภาพ รวมทั้งเงินอุดหนุนจากหน่วยงานต่าง ๆ
คณะกรรมการบริหารกองทุนหลักประกันสุขภาพในระดับพื้นที่ มีอำนาจในการจัดทำข้อมูลและแผนดำเนินการที่เกี่ยวกับปัญหาสาธารณสุข ดำเนินการให้กลุ่มเป้าหมายในเขตรับผิดชอบสามารถเข้าถึงบริการสาธารณสุขได้อย่างทั่วถึง บริหารจัดการกองทุนอย่างมีประสิทธิภาพโปร่งใส และจัดทำสรุปผลการดำเนินงานหรืองบดุลเมื่อสิ้นปีงบประมาณ รับผิดชอบการรับเงิน การจ่ายเงิน และจัดทำบัญชีเงินหรือสินทรัพย์ในกองทุนให้เป็นไปตามรูปแบบที่สำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติกำหนด โดยคณะกรรมการบริหารมีวาระในการดำรงตำแหน่ง 2 ปี ประกอบด้วย
1.นายกองค์การบริหารส่วนตำบลหรือนายกเทศมนตรี เป็นประธานกรรมการ
2.สมาชิกองค์การบริหารส่วนตำบลหรือสภาเทศบาลที่สภามอบหมายจำนวน 2 คน เป็นกรรมการ
3.ผู้แทนหน่วยบริการที่สำนักงานหลักประกันสุขภาพมอบหมาย จำนวน 1 คน เป็นกรรมการ
4.ผู้แทนอาสาสมัครสาธารณสุขประจำหมู่บ้านที่คัดเลือกกันเอง จำนวน 2 คน เป็นกรรมการ
5.ผู้แทนหมู่บ้านหรือชุมชนที่ประชาชนในหมู่บ้านหรือชุมชนคัดเลือกกันเอง หมู่บ้านหรือชุมชนละ 1 คน เป็นกรรมการ
6.ปลัดองค์การบริหารส่วนตำบลหรือปลัดเทศบาล เป็นกรรมการและเลขานุการ
แนวทางการสนับสนุนการจัดกิจกรรม 4 ลักษณะ ดังนี้
1.การจัดบริการสุขภาพตามชุดสิทธิประโยชน์สำหรับกลุ่มเป้าหมาย
2.การสนับสนุนงบประมาณแก่หน่วยบริการสุขภาพที่อยู่ในชุมชนท้องถิ่น
3.การสร้างเสริมสุขภาพโดยประชาชนและชุมชนท้องถิ่น ส่วนนี้เป็นกิจกรรมที่เกิดจากความริเริ่มของประชาชนในชุมชนท้องถิ่นเอง อาจจะเป็นกิจกรรมในเชิงสร้างเสริมสุขภาพ หรือกิจกรรมในเชิงป้องกัน ควบคุมโรค หรือกิจกรรมในเชิงฟื้นฟูสมรรถภาพหรือกิจกรรมการบำบัดรักษา
4.การบริหารจัดการกองทุน